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Au fil du temps, les habitants d'Aunay se sont christianisés de bonne heure. La première paroisse fut érigée en 1120 et plusieurs prêtres se sont succèdés à la tête de l'église d'Aunay en Bazois. Trois édifices religieux se sont succedés dans le village.
Le premier édifice de la paroisse, dédié à St Franchy, fut batit en dehors du village au Moyen Age. En 1287, un registre de l'évéché de Nevers parle de "Sanctus Francovéus". On trouve aux Archives Nationales dans le "Gallia Christiana" mention de St Franchy en 1372 et St Franchy lez Onay en 1488.Les dernières ruines de l'ancienne paroisse de St Franchy lez Aunay furent dispersées car le lieu tombait en ruine dans le courant du XVIII ème siècle. Il se peut que l'on retrouve des pierres taillées ayant appartenues a cet édifice dans le porche d'entrée et dans les murs d'enceinte du vieux cimetière.
La seconde église fut construite au centre du village juste après la guerre de cent ans, avant Aout 1679, jouxtant la chapelle du chateau et dédiée à Ste Etienne. Mais, faute d'entretien, elle menaçait ruine et à partir de 1824, il fut décidé de refaire une nouvelle église.
Celle ci vit le jour entre 1870 et 1873, à l'emplacement de l'ancienne église, sur les plans de l'architecte Charles Lutz, toujours dédiée à St Etienne, englobant la chapelle du chateau.
De nos jours l'église St Etienne est la paroisse du village d'Aunay en Bazois et celle du village d'Achun, l'église St Laurent de celui ci ayant été détruite complètement.
Une association "Les Amis de l'Eglise St Etienne d'Aunay-Achun" s'applique a faire vivre les lieux en organisant des concerts et autres activités.